Qualité
Le système de surveillance de Santé publique France alimente les cartes de déconfinement
Des cartes de déconfinement à l'échelle du département sont diffusées depuis le 30 avril et seront actualisées quotidiennement. Tour d'horizon des données et indicateurs, perfectibles, qui permettent leur constitution. Santé publique France est à la manœuvre, avec l'aide de ses nombreux partenaires.Comme annoncé par le chef du Gouvernement Édouard Philippe devant l'Assemblée nationale (lire notre article), les premières cartes de déconfinement à l'échelle du département ont été dévoilées par la Direction générale de la santé dès ce 30 avril. Le Premier ministre avait annoncé trois indicateurs clés pour les constituer : le taux de nouveaux cas sur les sept derniers jours, la tension sur les capacités hospitalières de réanimation et la préparation du système local de tests. Au 3 mai, seuls les deux premiers critères sont diffusés par les pouvoirs publics.
Une première carte montre ainsi, a expliqué Jérôme Salomon, directeur général de la santé ce 1er mai lors de son point quotidien de situation, "l'activité cinétique et de dynamique épidémique", c'est-à-dire le reflet du nombre de personnes qui développent une infection par territoire et qui appellent leur médecin traitant ou se rendent aux services des urgences. C'est la surveillance syndromique qui permet de construire cette première carte. Les données utilisées (moyennes des sept derniers jours) sont issues d'un système de recueil de données publiées quotidiennement sur le site data.gouv.fr. Le pourcentage de patients Covid-19 dans la totalité des passages aux urgences détermine alors la couleur du département. Les données hospitalières permettent quant à elles de construire la deuxième carte, qui présente le niveau de saturation des réanimations en France. La colorimétrie des départements s'effectuera cette fois selon le taux d'occupation des lits par des patients atteints de formes graves de coronavirus.
Santé publique France, dans un communiqué le 1er mai, rappelle qu'elle "assure la mise en œuvre d'un système national de veille et d'alerte et de surveillance sanitaire et fournit quotidiennement au ministère chargé de la santé l'ensemble des indicateurs permettant de suivre l'épidémie de Covid-19 grâce à de très nombreux partenaires (lire l'encadré) qui assurent la collecte et la remontée d'informations et la robustesse du système d'information".
Pour illustration, au 1er mai, neuf départements ont été reclassés sur la carte relative à la circulation active du virus par rapport à celle présentée la veille. La Nièvre par exemple y est apparu en rouge le 30 avril alors même que la dynamique épidémique y est plus faible que dans le reste de la région, éclaire l'ARS Bourgogne-Franche-Comté dans un communiqué. "L'indicateur national a été construit sur la base du pourcentage de passages aux urgences lié à des suspicions de Covid-19. Or ce nombre a intégré dans la Nièvre un grand nombre de dépistages de personnels soignants réalisés ces derniers jours. Ce biais d'analyse a été signalé à l'échelle nationale par l'ARS et les équipes de Santé publique France en région, afin de permettre une correction de la cartographie."
Santé publique France s'est toujours voulue prudente sur les données diffusées. Elle insiste par exemple dans son point hebdomadaire du 30 avril sur le fait que le nombre réel de cas de Covid-19 en France est supérieur au nombre estimé de cas confirmés, qui ne reflète dès lors pas l'importance réelle de l'épidémie. Au 3 mai par exemple, un nombre de 131 287 cas cumulés confirmés par un test PCR positif est affiché mais il s'agit d'une donnée estimée au niveau national en tenant compte des données de laboratoires de biologie médicale et des patients hospitalisés pour Covid-19. D'où l'importance d'un bon système d'information et d'une bonne remontée d'informations au quotidien.
Une première carte représente la circulation active du virus (ici la première carte en date du 30 avril).
Une première carte montre ainsi, a expliqué Jérôme Salomon, directeur général de la santé ce 1er mai lors de son point quotidien de situation, "l'activité cinétique et de dynamique épidémique", c'est-à-dire le reflet du nombre de personnes qui développent une infection par territoire et qui appellent leur médecin traitant ou se rendent aux services des urgences. C'est la surveillance syndromique qui permet de construire cette première carte. Les données utilisées (moyennes des sept derniers jours) sont issues d'un système de recueil de données publiées quotidiennement sur le site data.gouv.fr. Le pourcentage de patients Covid-19 dans la totalité des passages aux urgences détermine alors la couleur du département. Les données hospitalières permettent quant à elles de construire la deuxième carte, qui présente le niveau de saturation des réanimations en France. La colorimétrie des départements s'effectuera cette fois selon le taux d'occupation des lits par des patients atteints de formes graves de coronavirus.
Santé publique France, dans un communiqué le 1er mai, rappelle qu'elle "assure la mise en œuvre d'un système national de veille et d'alerte et de surveillance sanitaire et fournit quotidiennement au ministère chargé de la santé l'ensemble des indicateurs permettant de suivre l'épidémie de Covid-19 grâce à de très nombreux partenaires (lire l'encadré) qui assurent la collecte et la remontée d'informations et la robustesse du système d'information".
Les partenaires de Santé publique France
Santé publique France s'appuie sur un large réseau d'acteurs pour assurer la surveillance du Covid-19 : médecins libéraux, Samu-Centre 15, SOS médecins, médecins urgentistes, réanimateurs, laboratoires de biologie médicale hospitaliers et de ville, ARS, ainsi que les sociétés savantes d'infectiologie, de réanimation et de médecine d'urgence (SRLF, Sfar, SFMU, Gfrup, Fedoru*), Institut Pasteur, Centre national de référence sur les virus des infections respiratoires, Hospices civils de Lyon, Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), Institut national de la statistique et des études économiques (Insee).Suivi des suspicions en attendant la positivité des tests
Le meilleur indicateur pour suivre le risque épidémique de Covid-19, remarque toutefois l'agence, sera le taux de positivité des tests RT-PCR (pour reverse transcriptase et réaction de polymérisation en chaîne) à Sars-Cov-2 sur l'ensemble du territoire. Il ne pourra être diffusé que lorsque l'indication des tests sera étendue et que le système d'information national de dépistage du Covid-19 sera fonctionnel, explique l'agence. Dans l'attente de sa disponibilité et afin de préparer la période de prédéconfinement, l'indicateur Oscour, utilisé en surveillance syndromique pour la phase 3, est produit à la demande de la Direction générale de la santé. Il reflète, selon Santé publique France, le recours aux soins pour suspicion de Covid-19 et constitue un indicateur précoce pour évaluer la circulation du virus. C'est pourquoi il participe à la constitution de la carte relative à la circulation active du virus. À noter, pointe Santé publique France, que ce dernier présente "des limites quand il est interprété seul". Les ARS sont dès lors sollicitées pour prendre en compte l'ensemble des indicateurs disponibles localement et le contexte territorial d'interprétation. "L'analyse quotidienne de risque contextualisée avec et par les acteurs locaux est ensuite consolidée à l'échelon national", poursuit l'agence de santé publique.Pour illustration, au 1er mai, neuf départements ont été reclassés sur la carte relative à la circulation active du virus par rapport à celle présentée la veille. La Nièvre par exemple y est apparu en rouge le 30 avril alors même que la dynamique épidémique y est plus faible que dans le reste de la région, éclaire l'ARS Bourgogne-Franche-Comté dans un communiqué. "L'indicateur national a été construit sur la base du pourcentage de passages aux urgences lié à des suspicions de Covid-19. Or ce nombre a intégré dans la Nièvre un grand nombre de dépistages de personnels soignants réalisés ces derniers jours. Ce biais d'analyse a été signalé à l'échelle nationale par l'ARS et les équipes de Santé publique France en région, afin de permettre une correction de la cartographie."
Des données estimées
Ce système national de veille et d'alerte et de surveillance sanitaire mis en place par Santé publique France permet d'alimenter les chiffres transmis quotidiennement par le directeur général de la santé Jérôme Salomon ainsi qu'un point épidémiologique hebdomadaire, dont le dernier date du 30 avril (à télécharger ci-dessous). Celui-ci fait état d'indicateurs épidémiologiques de circulation du Sars-Cov-2 en communauté et en milieu hospitalier en baisse depuis quatre semaines :- "diminution des recours pour Covid-19 de SOS Médecins et des urgences hospitalières traduisant une diminution des nouvelles contaminations ;
- diminution du nombre des nouvelles hospitalisations et des nouvelles admissions en réanimation de patients Covid-19 ;
- diminution des nombres de patients hospitalisés et patients en réanimation ;
- stabilité de l'estimation du nombre de cas de Covid-19 ayant consulté un médecin généraliste."
Santé publique France s'est toujours voulue prudente sur les données diffusées. Elle insiste par exemple dans son point hebdomadaire du 30 avril sur le fait que le nombre réel de cas de Covid-19 en France est supérieur au nombre estimé de cas confirmés, qui ne reflète dès lors pas l'importance réelle de l'épidémie. Au 3 mai par exemple, un nombre de 131 287 cas cumulés confirmés par un test PCR positif est affiché mais il s'agit d'une donnée estimée au niveau national en tenant compte des données de laboratoires de biologie médicale et des patients hospitalisés pour Covid-19. D'où l'importance d'un bon système d'information et d'une bonne remontée d'informations au quotidien.
