Dans le cadre de la certification des comptes des établissements publics de santé, l'Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP), celle de Marseille (AP-HM) et les Hospices civils de Lyon (HCL) feront partie de la troisième vague de ce processus, à savoir sur les comptes 2016. Dans ce cadre, il semble que la Cour des comptes, qui n'a jamais caché son intention de les suivre en direct, doive se conformer à une procédure d'appel d'offres pouvant de fait potentiellement la mettre en concurrence avec des cabinets d'expertise comptable, qui, eux, se chargent d'assurer la certification des hôpitaux ciblés par la réglementation. Bien que la formulation des textes réglementaires soit sujette à interprétations, aucune entorse au droit ne semble donc se profiler pour Paris, Lyon et Marseille. C'est en substance ce qu'à laissé entendre le DGOS Jean Debeaupuis ce 20 mai à l'occasion des Salons de la santé et de l'autonomie à Paris.

Début 2014, le Premier président de la Cour des comptes, Didier Migaud, avait pourtant écarté d'emblée cette idée, certes bien décidé à certifier les trois plus gros CHU mais refusant catégoriquement de se soumettre à un appel d'offres (lire ci-contre). Pour lui, les missions constitutionnelles de la cour ne sauraient s'exercer dans un cadre d'appel d'offres. Il invitait alors bien au contraire le Gouvernement et le Parlement à retenir "une règle de partage simple" : "par exemple, que les trois plus importants hôpitaux concernés par l'obligation de certification relèvent de la Cour des comptes, et les autres des commissaires aux comptes". En effet, comme le soulignait alors Didier Migaud, "ce modèle, déjà retenu par le législateur pour la certification des comptes des régimes de Sécurité sociale, donne toute satisfaction". À moins qu'un amendement ne se glisse au projet de loi de Santé d'ici son vote final cet automne pour définitivement clore le débat et pleinement réserver à la cour le droit de certification sur l'AP-HP, les HCL et l'AP-HM.